W momencie wprowadzenia praw separacyjnych w 1880 r. i interdyktu Jezuitów na terenie państwa, pozostałe wspólnoty zakonne, decyzją rządu zostały rozwiązane.

 

Najpierw zaczęli wyjeżdżać z Beauchêne do Włoch, Anglii lub Hiszpanii zakonnicy obcokrajowcy, następnie taki sam los spotkał Francuzów.

 

W 1896 r. wspólnota, której nowym Opatem był ks. Rousseau liczyła 12 księży, braci i nowicjuszy i kontynuowała swoje apostolstwo pomimo niesprawiedliwych praw. W 1901 r. po rozwiązaniu wspólnot zakonnych we Francji część kanoników została zmuszona do opuszczenia Opactwa i udania się do Belgii. Ostatni zamieszkały zakonnik Ksiądz Opat musi zostawić placówkę w 1903 r., w momencie kiedy kaplica została zalakowana.

 

W latach 1901- 1919 życie wspólnotowe praktycznie zanikło, mimo że popularne pielgrzymki do łaskami słynącej kaplicy na nowo zaczęto organizować od 1910 r.

Już w 1920 r. odrodziło się życie wspólnotowe i rozwinęło się apostolstwo. W czasie międzywojennym głównym zajęciem Księży było głoszenie tygodniowych nauk misyjnych lub rekolekcji na prośbę parafii. W tym czasie wspólnota nigdy nie była liczna, ponieważ musiała zająć się działaniami domów, które zostały założone w Belgii po ogłoszeniu praw antykongregacyjnych.

 

Po kolejnych zgonach starszych Księży w 1936 r. wspólnota składała się tylko z czterech członków: Księża Rivet i Baudin, Bracia Babin i Charles Chabot oraz oblat (familier) Denéchaud. Niespodziewanie wspólnota powiększyła się na nowo wraz z przybyciem Ojca Louisa Roux i pięciu Braci Basków hiszpańskich, którzy uciekli przed hiszpańską wojną domową.